キリスト教館は、バチカン市国、日本万国博キリスト教館委員会の展示施設です。テーマは「目と手―人間の発見」。キリスト教館は三角形平面と湾曲屋根を持つ教会風建築で、地上ホール「聖なる空間」と地下展示室から構成。入口にはバチカン提供の「信仰」「愛」「希望」の大理石像が展示され、カタコンベを模した地下道を通る独特の演出が特徴的。地下展示室では、日本人の悲しみや喜びをテーマにした組写真や「ノア」「聖母子像」などの彫刻、ラファエロの原画を下絵にした壁かけが展示された。社会正義を問うコーナーもあり、多目的ホールでは礼拝や演劇が行われ、新約聖書の写本や芸術品が紹介された。